筑波大学では、他の大学とは異なり、教育組織と研究組織とが独立しており、双方が独自性を保ちつつも互いに連携することによって大学の使命である教育と研究の活性化を図ろうとしています。
学生は、学群・学類と呼ばれる教育組織に所属します。体育の場合、目的を明確にした専門的な教育を早くから行う必要があるので、学類組織をもたない単一の「専門学群」となっています．体育専門学群生は、２年進級時に、自らの興味・関心に従って、健康・スポーツ教育、健康・スポーツマネジメント、スポーツコーチングのいずれかを主専攻として選択します。そこではより専門的な勉学を進めていくことになっています。
教員は、学系と呼ばれる研究組織に所属しています。体育では、体育科学系という１つの学系が設けられています。体育科学系は、さらに、体育・スポーツ学、健康体力学、コーチング学という３つの分野に別れます。教員はすべていずれかの研究分野に所属して、それぞれの専門的な研究を進めます。それと同時に、学群や大学院の授業を担当しています。
人間総合科学研究科
平成13 年度から人間総合科学研究科がスタートし、平成20年度から区分制博士課程に改組・再編されました。体育科学に関する分野としては、体育学専攻、スポーツ健康システム・マネジメント専攻、体育科学専攻、スポーツ医学専攻、コーチング学専攻、ヒューマン・ケア科学専攻、教育学専攻、学校教育学専攻の８つが設置されています。